Personalen på Centrum för molekylär diagnostik i Lund har jobbat intensivt under de senaste veckorna för att bygga upp analyskapaciteten.

Sekvenseringsmaskiner finns redan, men vanligtvis är det inte arvsmassa från virus, utan från bakterier och mänskliga celler, som brukar kartläggas här. En första utmaning har varit att få tag i nödvändigt material.

– Det har blivit en enorm rusning efter alla typer av reagens och plastmaterial, eftersom alla ska sekvensera, säger sektionschef Sofia Gruvberger Saal.

30 000 ”bokstäver”

Mikrobiolog Jonas Björkman liknar virusets arvsmassa vid ett jättelångt ord med 30 000 bokstäver. Ordet består bara av bokstäverna C, G, T och A, men frågan är i vilken ordningsföljd de kommer. Svaret ges i sekvenseringsmaskinen.

I en muterad variant av coronaviruset är bokstäverna utbytta eller lite omkastade på några ställen.

– Typiskt sett är det bara en handfull förändringar när vi tittar på en variant. Det är bara någon promille av ”bokstäverna” som skiljer de olika kända mutationsvarianterna åt, säger Björkman.

Men även små omkastningar i ordningsföljden kan få stora konsekvenser för virusets egenskaper, till exempel hur smittsamt det är eller om det är resistent mot vaccin – därav storsatsningen på sekvensering.

Högprioriterade grupper

På labbet i Lund, som hör till Region Skåne, kan virusprover från hela den södra sjukvårdsregionen komma att analyseras. Eftersom målsättningen är att kartlägga virus från en tiondel av dem som testats positivt blir smittläget avgörande för antalet.

– Om en tredje våg kommer blir ju tio procent många fler i antal per vecka än det är nu, säger Gruvberger Saal.

Målet är att kartlägga ett representativt urval av dem som insjuknar i covid-19 för att få en bild av vilka virusvarianter som är i omlopp. Men några grupper kommer man att hålla ett särskilt öga på, till exempel hemvändande resenärer som testats positivt för covid-19.

Om personer insjuknar i covid-19 trots vaccinering blir detta förstås också en högprioriterad grupp att kartlägga, liksom de som smittas i lokala utbrott.

– Vi letar både efter kända mutationer och efter nya, säger Björkman.